| 2003年SARS的爆发，暴露了传染病监测和报告存在的问题。国务院卫生部明确提出建立畅通的疫情信息网络。要利用现代通信手段，在全国建立统一、高效、快速、准确的疫情报告系统; 形成纵横贯通的信息报告网络; 协助地方完善卫生信息网络与医疗机构信息网络互联互通等工作，制定疫情和突发公共卫生信 息发布制度，根据需要向社会及时发布，增强人们的预防意识，督促各地区采取积极的应对措施。
2003年11月建成国家疾病监测数据中心机房。2004年1月1日正式启动基础疫情报告系统，全国93%县级及以上医院,43%乡镇卫生院从网上报告疫情,平均每日约有5000用户上网直报，全年共有412.4万传染病个案从网上报告，全国每分钟会有3张传染病报告卡通过网络进行直报，每日平均产生1万多监测病例的个案信息; 2004年4月26日正式启动医院死因报告系统，共有40万死亡案例经网上报告,估计占全国死亡的8.9%; 2005年1月启动的结核病专病报告系统, 使结核追踪、治疗信息和全国结核基本发病信息结合, 有利于了解结核病感染和控制全貌；2005年3月20日启动艾滋病专病报告系统, 使HIV追踪、治疗信息和全国HIV感染的基本发病信息结合, 有利于了解HIV感染和控制全貌。
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